L'origine de Pregny , certainement occupée par les Romains puis par les Burgondes, n'est attestée que depuis le XII^e siècle. Pourtant, le Moyen Âge n'y a laissé aucune trace, si ce n'est les voies dites historiques, les douves de l'Île Calvin et les fondements des châteaux de Tournay et de Penthes. Le nom de Pregny (fundus priniacus) et de Chambésy (Sambesie) remontent à cette époque. Dépendant de la seigneurie de Gex, Pregny a subi dès la Renaissance les mêmes soubresauts que le reste du Pays de Gex : souveraineté savoyarde (1353-1536), conquête bernoise et introduction de la Réforme (1536-1567), restitution savoyarde (1567-1590), brève conquête par Genève (1590-1601), rattachement à la France et retour au catholicisme (1601-1814), occupation par les Autrichiens (1814-1815), Contre-Réforme au XVII^e siècle, tumultes de la Révolution, rattachement à la Suisse (1815), puis rattachement au canton de Genève (1816).

Pregny-Chambésy, la plus petite des six communes du Pays de Gex cédées par la France à la Suisse, présentait un double intérêt pour les Genevois : la continuité de l'accès vers le territoire suisse et le paradis résidentiel des familles patriciennes. En moins d'un siècle, celles-ci ont littéralement pris possession du paysage de Pregny, qui offrait une vue unique sur le lac, le Mont-Blanc et la ville de Genève. Ainsi, les trois quarts de l'histoire officielle de la commune sont consacrés à celle des grandes familles qui l'habitèrent.

Les petits paysans de la commune, pratiquant pour la plupart une agriculture de subsistance et un peu de viticulture, furent nombreux à servir les familles patriciennes pour l'aménagement et l'entretien des domaines. Ainsi, on ne trouve pas de fermes importantes, comme dans d'autres communes de la campagne genevoise. En revanche, les grandes propriétés furent dotées pour la plupart de bâtiments à usage agricole, dont l'architecture est souvent aussi remarquable que celle des demeures.

Depuis le 9 décembre 2018, la commune est desservie par la ligne n^o 20 des Transports publics genevois. Son itinéraire va de la Place de Neuve à Colovrex en passant par la gare de Cornavin et le quartier des quartier des Nations.

La commune possède neuf arrêts sur son territoire (dans l'ordre depuis Genève) : La Fenêtre, Penthes, Pregny-Village, Pregny-Mairie, Chambésy-Place, Chambésy-Fontaine, Caron, Foretaille et Machéry qui se trouve à 140 m de l'arrêt de la ligne n^o 53.

La gare de Chambésy est desservie par les trains Léman Express assurant les lignes L1 à L4 entre les gares de Coppet et de Lancy-Pont-Rouge avec une cadence d'un train toutes les 15 minutes.

• 46.241126.147421 Gare de Chambésy Chemin de Chambésy 11 – Gare ferroviaire des chemins de fer fédéraux suisses (CFF), desservie par des trains Regio (R). Elle est desservie par le réseau express transfrontalier Léman Express depuis 2019. (dernière mise à jour : février 2019)

Bien que l'autoroute longe la frontière communale, Pregny-Chambésy ne possède pas sa propre sortie. Cependant, il existe deux sorties à proximité :

• La sortie  7 Grand-Saconnex ;
• La sortie  9 Le Vengeron puis prendre la en direction de « Genève - Lac ».

De plus, la route de Lausanne qui est le prolongement de la route , traverse la commune au niveau du lac pour relier Genève à Bellevue.

Le centre du village est traversé par une route cantonale.

• 46.2323746.141691 Château de Penthes Chemin de l'Impératrice 18 – Bâtiment de 1761 (dernière mise à jour : février 2019)
• 46.2370916.1379852 Château de Tournay Chemin Palud 16 / Route de Pregny 37 – non-visitable, Bâtiment de 1601-1603 (dernière mise à jour : février 2019)
• 46.2352686.1417613 Château de Pregny Route de Pregny 30-32-34 – non-visitable, bâtiment de 1858-1859 (dernière mise à jour : février 2019)
• 46.2319976.1467984 Château du Reposoir Route de Lausanne 225 – non-visitable, Bâtiment de 1750 (dernière mise à jour : mars 2019)

• 46.23719746.14087485 Église catholique romaine Sainte-Pétronille (église de Pregny) Route de Pregny 39,  +41 76 387 95 10  lun.–dim. : 7 h 30 – 19 h. – Église catholique romaine datant de 1863. Visites guidées de l'église sur rendez-vous les dimanches de 11:45 à 12:15 au +41 76 387 95 10 (dernière mise à jour : avril 2019) (1863)
• 46.2406366.1468836 Chapelle des Cornillons Chemin des Cornillons 43 – Chapelle de culte protestant et copte orthodoxe. (dernière mise à jour : février 2019) (1901)
• 46.2426936.1459717 Église grecque-orthodoxe Saint-Paul Chemin des Cornillons 12 – Église de culte orthodoxe de langue grecque; comprenant, dans la crypte, l'église orthodoxe de langue française de la Sainte-Trinité et de Sainte-Catherine (dernière mise à jour : février 2019) (1967)
• 46.2428966.145188 Chapelle orthodoxe-roumaine de la Résurrection Chemin de Chambésy 37,  +41 22 342 97 17 – Église de culte orthodoxe de langue roumaine située dans une ancienne maison de maître (dernière mise à jour : février 2019) (1975)

• 46.2324886.1417739 Musée des Suisses dans le monde (Musée des Suisses de l'étranger) Chemin de l'Impératrice 18  mer.–dim. : 13 h 30 – 18 h. – L'exposition permanente du musée retrace l'histoire des relations entre la Suisse et le reste du monde du Moyen Âge à nos jours. Le parcours explique comment la Suisse s'est construite à l'international, en premier à travers le service militaire à l'étranger. L'accent est mis sur l'histoire du régiment des Cent-Suisses au service de la France et sur la Garde suisse pontificale. (dernière mise à jour : avril 2019) (biens culturels d'importance nationale)
• Musée de la fondation Otto et Régine Heim
• 46.232436.1404910 Musée militaire genevois Chemin de l'Impératrice 18a / Place des Waldstätten – Musée spécialisé dans l'histoire militaire du canton de Genève entre 1813 et aujourd'hui. (dernière mise à jour : février 2019)
• 46.2429936.14491111 Musée d'art chrétien Chemin de Chambésy 37 – Musée spécialisé dans la promotion de l’art religieux chrétien et de tout autre forme d’art associé à la tradition orthodoxe, afin de promouvoir le trésor unique de l’Église et l’importance de l’art chrétien dans la société suisse qui lui est particulièrement sensible; La visite du musée n’est possible que sur rendez-vous. (dernière mise à jour : février 2019)
• 46.2447946.15050412 Musée de la fondation Otto et Régine Heim Chemin du Champ de blé 6, courriel : [email protected],  +41 79 704 24 63  Sur rendez-vous. – Musée et rencontres culturelles de la Fondation Otto et Régine Heim. (dernière mise à jour : mars 2020)

• 46.2322286.1402713 Sablier du Millénium (Le plus grand sablier d'Europe) Chemin de l'Impératrice 18 a / Place des Waldstätten – Le plus grand sablier d'Europe. (dernière mise à jour : novembre 2019)
• 46.2460726.14337614 Maisons de l'Exposition Nationale Chemin de la Fontaine – Les quatre maisons ont été construites pour l'Exposition Nationale Suisse de 1896 qui s'est déroulée à Genève. (dernière mise à jour : novembre 2019)
• 46.2441446.13828915 Pressoir de la Coudira Chemin de Valérie 28 – Pressoir du domaine de la Coudira. (dernière mise à jour : mars 2020)

• 46.2329796.14116220 Parc de l'Impératrice Chemin de l'Impératrice 18 (dernière mise à jour : février 2019);
• 46.2430976.14144621 Parc communal Chemin de Valérie 18 – Parc à jeux pour enfants (dernière mise à jour : février 2019);
• 46.2293256.14761822 Terres de Pregny Route de Lausanne / Chemin de l'Impératrice. – Partie du Conservatoire et Jardin Botanique de la ville de Genève située sur le territoire communal de Pregny-Chambésy (dernière mise à jour : février 2019);
• 46.2361186.1391823 Serres de Pregny Route de Pregny 32 – Ancienne serres du Baron de Rothschild. Propriété privée, pas de visite. Appartient au Conservatoire et Jardin Botanique de la ville de Genève. Biens culturels d'importance nationale (dernière mise à jour : février 2019).

• 46.2327386.13432324 OMS (Organisation mondiale de la santé) Avenue Appia 20,  +41 22 791 21 11  lun.–ven. : 8 h – 18 h. – institution spécialisée de l'Organisation des Nations unies (ONU) pour la santé publique créée en 1948 (dernière mise à jour : février 2019)

• 46.2456956.1529071 Esplanade du Vengeron Route de Lausanne 284,  +41 22 546 62 95  Ouvert toute l'année jusqu'à 22 h. – Terrain rochers avec de l'herbe. Ambiance familiale. Possibilité de faire de la voile, de la planche à voile et de la pétanque (dernière mise à jour : février 2019);
• 46.230586.1501032 Plage du Reposoir Route de Lausanne 222  Ouvert toute l'année. (dernière mise à jour : février 2019).

• 46.2382576.1410563 Terrain de sport de Pregny Route de Pregny 47  Ouvert toute l'année. – Terrain de football, terrain de basket, piste de course. (dernière mise à jour : mars 2019);
• 46.2476836.1464464 Parcours vita Chemin des Châtaigniers / Chemin de Valérie / Chemin de la Fontaine / Chemin du Champs-de-Blé  Ouvert toute l'année. – Parcours de santé (dernière mise à jour : mars 2019);
• 46.2475126.1420665 Centre sportif et de loisirs des Châtaigniers Chemin des Châtaigniers 28,  +41 22 758 11 44  Ouvert toute l'année. – Piscine, 4 terrains de tennis, 2 terrains de pétanque. Lieu réservé aux habitants de la commune. (dernière mise à jour : mars 2019).
• 46.2458946.129746 Squash et Fitness (Genva Squash ans Fitness Club) Chemin du Joli-Bois 3,  +41 22 758 22 07, courriel : [email protected] – Club de Squash. (dernière mise à jour : mars 2019)

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  Le château de Penthes abritant le musée des Suisses dans le monde.
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  Château du Reposoir.
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  Château de Tournay
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  Château de Malvand ou de la Malvande.
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  Château de l'île Calvin.