Come hanno dimostrato gli scavi, è dimostrato che il villaggio era stato colonizzato dai Romani. Tuttavia gli scavi non permettono di trarre conclusioni precise: potrebbe trattarsi anche solo di una fattoria romana. Bourg-en-Bresse ottenne i diritti di città nel 1250. All'inizio del XV secolo, i duchi di Savoia fecero della città la capitale della provincia della Bresse. Nel 1535 Bourg-en-Bresse fu conquistata e annessa alla Francia. La città venne infatti riconquistata dal duca Filiberto Emanuele, che la fece fortificare. Ciò le consentì di resistere all'assedio di sei mesi da parte delle truppe di Enrico IV. Tuttavia, nel 1601 la città venne definitivamente ceduta alla Francia.

Gli aeroporti più vicini sono l'aeroporto di Lione Saint Exupéry (IATA: LYS) e l'aeroporto di Ginevra (IATA: GVA).

Dalla Germania tramite l'autostrada francese A36, che si dirama dall'autostrada A5 a sud di Friburgo in Brisgovia, fino a Dole, quindi sull'autostrada A39, che porta via Lons-le-Saunier a Bourg-en-Bresse. Dalla Svizzera da Ginevra tramite l'autostrada francese A40 e Nantua fino alla città. Da Lione tramite la A39 verso nord.

Bourg-en-Bresse è collegata sia alla rete ferroviaria francese a lunga percorrenza (TGV) sia a quella regionale. Nella 46.25.2131 stazione di Bourg-en-Bresse fermano i treni TGV delle tratte Parigi-Ginevra e Strasburgo-Marsiglia, nonché i treni regionali.