La vegetación del parque es densa y presenta varios estratos. Se encuentran especies propias del bosque maduro, así como áreas de bosque secundario en regeneración. Entre los árboles más representativos figuran el Espavé (Anacardium excelsum), el Cuipo (Cavanillesia platanifolia), el Almendro (Dipteryx oleifera) y el Cedro Espino (Bombacopsis quinata). También hay gran abundancia de helechos, bejucos, epífitas y orquídeas.

El parque es reconocido por su diversidad faunística, especialmente en aves. Se han registrado más de 525 especies, lo que convierte a Soberanía en uno de los destinos más destacados de América para la observación de aves. Algunas especies comunes incluyen el Tucán Pico Iris (Ramphastos sulfuratus), el Trogón Violáceo (Trogon violaceus) y el Águila Crestada (Morphnus guianensis).

Algunos mamíferos que habitan el parque se encuentran:

• Monos carablanca (Cebus capucinus), monos aulladores (Alouatta palliata) y monos tití (Saguinus geoffroyi).
• Perezosos de dos y tres dedos.
• Saínos, armadillos, ñeques y puercoespines.
• Felinos como el jaguar (Panthera onca), el ocelote (Leopardus pardalis) y el margay (Leopardus wiedii), aunque estos últimos son difíciles de observar debido a sus hábitos nocturnos y solitarios.

• Desde la Ciudad de Panamá se puede tomar la Vía Omar Torrijos en dirección a Gamboa. Dependiendo del sendero que se desee visitar, es posible continuar por esta misma vía o desviar por la carretera Madden (aprox. 30 min, 25 km).
• Señalización clara hasta la oficina administrativa y los estacionamientos junto a los senderos principales.

• Desde la terminal de Albrook: líneas con destino a Gamboa que paran frente al centro administrativo del parque (aprox. 1 hora).
• Consultar horarios de regreso con anticipación, pues el servicio es limitado en la tarde.
• Para utilizar el transporte público es necesario contar con una tarjeta Rapipass o MiBus, la cual tiene un costo de $2.00. Además, se recomienda recargar al menos $2.00 adicionales para cubrir el pasaje y evitar inconvenientes durante el viaje.

• Nacionales y extranjeros residentes: B/. 4.00
• Adultos extranjeros no residentes: B/. 7.00
• Jubilados (nacionales y extranjeros residentes): B/. 2.00
• Niños menores de 12 años, nacionales o extranjeros: gratis

No está permitido acampar ni encender fogatas dentro del parque.

Para ingresar al Parque Nacional Soberanía no se requiere un permiso especial para visitas recreativas diurnas, como caminatas por senderos señalizados o recorridos turísticos. Sin embargo, en el caso de actividades específicas como investigaciones científicas, producción audiovisual, eventos organizados o visitas educativas institucionales, es necesario tramitar una autorización previa ante el Ministerio de Ambiente de Panamá.

La realización de estas actividades está sujeta a normas que buscan minimizar el impacto ambiental, y puede requerir la presentación de un plan de trabajo, cronograma y justificación de objetivos. Las solicitudes deben presentarse con anticipación y están sujetas a evaluación técnica.