Pierwsze wzmianki o Nekli pochodzą z 1405. Była to wówczas osada zwana Nieklą, co w języku staropolskim oznaczało nadbrzeżne ławice piachu, zarośla lub przystań. O początkach miasta opowiada także jedna z legend. Głosi ona, że w tym miejscu stała kiedyś karczma "Wygoda". Zatrzymał się w niej czarnoksiężnik Twardowski. Na jego rozkaz diabli usypali groblę przez bagna.

Właścicielami miejscowości przez wiele wieków były możne, znane wielkopolskie rody: Starczanowskich, Prażmowskich, Skałowskich, Wilkońskich, Skórzewskich i Żółtowskich. W latach 1725-1793 posiadała prawa miejskie. W tym okresie zostały wybudowane nowe kościoły w Nekli, w pobliskich Targowej Górce i Opatówku. W 1777 ksiądz Aleksy Błachowicz urządził w Nekli szpital czyli dom ubogich. W połowie XVIII w. parafia nekielska liczyła 926 mieszkańców, w tym: 490 katolików, 426 innowierców i 10 Żydów. Ziemia nekielska była gościnna dla prześladowanych obcokrajowców. W połowie XVIII w. w pobliżu Nekli osiedleni zostali na prawie olęderskim staroluteranie, chłopi niemieccy, którzy przybyli w te strony z pogranicza wielkopolsko-brandenburskiego i pomorskiego. Wykorzystując swoje umiejętności oraz wiedzę osuszyli tutejsze bagna i mokradła, wykarczowali las i założyli osadę zwaną kiedyś Nekielskimi Olędrami, a obecnie Nekielką.

Kres świetności dla Nekli nadszedł wraz z II rozbiorem Polski w 1793. Gmina została włączona do zaboru pruskiego, a Nekla straciła prawa miejskie. W 1831 wieś i okolice nawiedziła epidemia cholery. Śmierć zebrała obfity plon. Pozostali przy życiu mieszkańcy ślubowali wówczas coroczne pielgrzymki do Grodziszczka. Tradycja ta zachowała się do dzisiaj.

W 1845 zbudowano szosę z Poznania do Strzałkowa przez Neklę, a pod koniec wieku wieś znalazła się na trasie linii kolejowej z Poznania do Strzałkowa. Jedno z podań głosi, że stacja kolejowa jest tak daleko od Nekli, gdyż hrabina Żółtowska, właścicielka wsi nie chciała, aby budził ją głos przejeżdżających pociągów.

W dziejach gminy Nekla zapisało się wielu wybitnych Wielkopolan. Z wsią Mystki związany był Karol Karśnicki (1806-1870), uczestnik spisku podchorążych w powstaniu listopadowym, prezes Wydziału Przyrodniczego Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk (1860-1862). W Targowej Górce mieszkał Antoni Amilkar Kosiński.

Mieszkańcy Nekli i okolicznych miejscowości brali udział we wszystkich walkach o niepodległość Polski. Uczestniczyli na Wiośnie Ludów w bitwie pod Miłosławiem (1848), w powstaniu styczniowym (1863). Znaleźli się także w szeregach armii powstania wielkopolskiego (1918-1919). Walczyli w okolicach Szubina. Polegli powstańcy zostali pochowani w zbiorowej mogile na cmentarzu w Nekli.

W czasie okupacji hitlerowskiej, w latach 1942-1943 w Nekli istniał jeden z obozów pracy przymusowej dla Żydów pracujących przy budowie linii kolejowej ze Swarzędza do Wrześni. Zginęło w nim około 200 więźniów. Na miejscu obozu umieszczono pamiątkową tablicę. Natomiast przed budynkiem byłej szkoły przy ulicy Poznańskiej znajduje się pomnik poświęcony pamięci trzech Polaków, których w tym miejscu rozstrzelali hitlerowcy we Wrześni w 1939.

Po 1945 Nekla przeżyła okres intensywnego rozwoju. W 1948 została przeprowadzona elektryfikacja Nekli, w 1949 Targowej Górki, w 1950 Starczanowa i Zasutowa, a rok później Gierłatowa. W latach pięćdziesiątych w Nekli powstały kino (1951), lecznica dla zwierząt (1955), ośrodek zdrowia (1957). W następnym dziesięcioleciu zainstalowano w Nekli automatyczną centralę telefoniczną (1961), powstały zakłady produkcyjne: przetwórnia owocowo-warzywna w Podstolicach, nowa piekarnia w Nekli (1970). 18 maja 1969 oddano do użytku wybudowaną w czynie społecznym strażnicę Ochotniczej Straży Pożarnej. W latach siedemdziesiątych rozpoczęto zakładanie w gminie sieci wodociągowej. Władze miejsko-gminne stworzyły dobre warunki zachęcające do inwestowania na terenie gminy Nekla. Dbały także o rozwój oświaty i kultury. W 1948 zainicjowano powstanie gminnej biblioteki.

W 1965 w ciągu sześciu miesięcy wybudowano nową szkołę podstawową w Nekli. Ze środków budżetowych gminy wybudowano w 1988 szkołę w Targowej Górce, pięć lat później salę gimnastyczną w tej miejscowości, a w 1997 szkołę podstawową w Zasutowie.

1 stycznia 2000 Nekla odzyskała prawa miejskie.

W 2004 założony został Społeczny Komitet Renowacji Cmentarzy Olęderskich. Na uroczystości otwarcia cmentarza przybyli m.in. potomkowie rodzin Olęderskich, które w 1846 emigrowały do Australii w poszukiwaniu schronienia przed prześladowaniami ze strony władz pruskich.

W 2005 obchodzono hucznie 600 lecie założenia miejscowości.

Nekla położona jest na Równinie Wrzesińskiej (315.56), mezoregionie fizycznogeograficznym w środkowo-zachodniej Polsce, stanowiącym południową część Pojezierza Wielkopolskiego.

Wielkopolska znajduje się pod wpływem oceanicznych mas powietrza, co wpływa na łagodność klimatu. Obszar znajduje się w wielkopolsko-śląskiej dzielnicy rolniczo-klimatycznej. Średnia roczna temperatura wynosi ok. +8 °C. Okres wegetacyjny należy do najdłuższych w Polsce. Opady roczne wahają się od 500 do 550 mm.

Najbliższy port lotniczy znajduje się w Poznaniu - 44 km od Nekli Jest to port lotniczy Poznań-Ławica im. Henryka Wieniawskiego (IATA: POZ, ICAO: EPPO) . Najlepszy dojazd z portu lotniczego drogą ekspresową S11 - od węzła Poznań Ławica do węzła Poznań Zachód, następnie Drogą krajową nr 92.

W miejscowości znajduję się przystanek na linii Września-Poznań.

Miejscowość znajduje się przy drodze krajowej nr 92, między Wrześnią i Poznaniem.

W mieście znajduje się przystanek autobusowy. Dojazd autobusem możliwy jest z: Gniezna, Konina, Poznania, Wrześni, Słupcy. Kursy obsługuje PKS w Koninie oraz Gnieźnie Sp. z o.o. (całodobowa informacja o rozkładzie jazdy: 703-403-358).

W Nekli przy ulicy Dworcowej 12 znajduje się przychodnia lekarska. Najbliższym szpitalem jest Szpital Powiatowy we Wrześni, ul. Słowackiego 2, tel. 61 437-05-00 .

W Nekli przy ulicy Dworcowej 8A/2 znajduje się posterunek policji.

W Nekli znajduje się placówka ochotniczej straży pożarnej przy ulicy Gnieźnieńskiej 2.