Benché non esista una formale ripartizione in quartieri, la città di Novate Milanese viene di fatto ripartita in due porzioni seguendo la direttiva della ferrovia, che seca il territorio comunale da sud a nord-ovest.

Nel quartiere ovest si collocano la maggior parte dei servizi e dei luoghi di interesse storico-culturale e religioso. Nel quartiere si trovano il centro storico, il municipio, il teatro, la chiesa centrale dei Santi Gervaso e Protaso, la chiesetta del Gesiö, la caserma dei carabinieri, il comando della polizia locale, la sede principale della biblioteca, i centri sportivi, l'isola ecologica e i cimiteri

Nel quartiere est si collocano invece l'ufficio postale, la sede della protezione civile, una chiesa parrocchiale con oratorio e il polo distaccato della biblioteca (DiVittorio22).

Il passaggio tra un quartiere e l'altro è possibile nei punti di attraversamento della ferrovia e quindi:

• In automobile e in bicicletta, all'altezza del sottopassaggio di via Giuseppe di Vittorio
• A piedi o con bicicletta a mano, nel sottopassaggio della stazione ferroviaria (senza necessità di biglietto) oppure nel sottopassaggio pedonale posto tra via Baranzate e via Repubblica. Entrambi i sottopassaggi sono accessibili alle persone con disabilità motorie, tuttavia l'accesso al sottopassaggio della stazione dipende dall'agibilità dei due impianti di ascensori.

Novate Milanese non è direttamente provvista di aeroporti, ma è raggiungibile dai principali aeroporti circostanti, ossia Milano-Malpensa (distante circa 34 km in linea d'aria), Milano-Linate (distante circa 13 km in linea d'aria) e Bergamo-Orio al Serio (distante circa 46 km in linea d'aria). È inoltre presente il più ridotto aeroporto di Bresso (distante circa 5 km in linea d'aria).

• Da Milano-Malpensa è possibile raggiungere Novate Milanese in automobile percorrendo, alternativamente, le autostrade A8 o A4: in entrambi i casi occorre raggiungere il raccordo con l'autostrada A52 (Tangenziale Nord), percorrendola in direzione Monza fino all'uscita Bollate-Novate. Per chi viaggia in treno, è possibile prendere dall'aeroporto il Malpensa Express fino alla stazione di Milano Cadorna e da lì prendere il treno suburbano S3 diretto a Saronno e scendere alla fermata di Novate Milanese.
• Da Milano-Linate è possibile raggiungere Novate Milanese in automobile percorrendo l'autostrada A51, proseguendo dritti sull'autostrada A52 fino all'uscita di Bollate-Novate; in alternativa, è possibile raggiungere Novate Milanese attraverso la viabilità locale di Milano, tuttavia tale scelta potrebbe essere meno conveniente in presenza di traffico intenso. Per chi predilige il trasporto pubblico, da Milano-Linate può prendere la metropolitana M4 (linea blu) fino alla fermata di Dateo e da lì prendere il treno suburbano S1 diretto a Saronno e scendere a Novate Milanese (con questa opzione è sufficiente il biglietto ordinario Mi1-Mi3, valido per 90 minuti)
• Da Bergamo-Orio al Serio è possibile raggiungere Novate Milanese in automobile percorrendo l'autostrada A4 fino all'uscita di Cormano e poi seguire le indicazioni locali per Novate Milanese; in alternativa, in prossimità della barriera autostradale è possibile portarsi sulla destra e imboccare l'autostrada A52, da percorrere fino all'uscita Bollate-Novate. In alternativa, è possibile utilizzare i servizi di autobus e navetta diretti a Milano e da lì utilizzare il servizio ferroviario suburbano (linee S1 e S3) per raggiungere la stazione di Novate Milanese.
• Da Bresso è possibile raggiungere Novate Milanese in automobile con un viaggio urbano di circa 15 minuti, attraversando il comune di Cormano, seguendo le indicazioni locali per Novate Milanese.

Non è possibile raggiungere Novate Milanese attraverso vie d'acqua.

Novate Milanese è attraversata dalla ferrovia Milano-Saronno ed è provvista di una propria stazione. La stazione è servita dalle linee S1 (Saronno-Lodi) e S3 (Saronno-Milano Cadorna) del servizio ferroviario suburbano. Le corse delle due linee sono cadenziate ciascuna di 30 minuti, di conseguenza da Novate Milanese parte e arriva un treno ogni 15 minuti (alternatamente, uno della linea S1 e uno della linea S3).

Nelle vicinanze di Novate Milanese è inoltre presente la fermata Comasina della linea M3 (linea gialla) della metropolitana di Milano. La città può essere raggiunta dalla fermata Comasina in automobile con pochi minuti di viaggio, oppure attraverso l'autobus 89.

A Novate Milanese opera la linea autobus 89 gestita da ATM che collega la città con la fermata Affori FN della metropolitana M3 di Milano. Il capolinea novatese è collocato in via Bollate, in uno spiazzo all'altezza del civico 69. Il servizio è attivo solo nel quartiere "est" della città.