Probabilmente il servizio ferroviario più conveniente per Tokyo è il Narita Express (N'EX) delle ferrovie giapponesi (JR). Il viaggio dura 55 minuti e offre i collegamenti più facili con i servizi Shinkansen. I treni di solito partono dal Terminal 1 a circa 15 e 45 minuti dopo l'ora; c'è una partenza oraria tra mezzogiorno e le 13:00 e dopo le 20:00. Tutti i posti sono riservati, ma le prenotazioni possono essere acquistate in qualsiasi momento. Il N'EX è gratuito per gli utenti in possesso del Japan Rail Pass o JR East Pass. I posti possono essere prenotati quando si modifica l'ordine di cambio di un pass ferroviario presso il Centro servizi di viaggio JR (o presso il normale sportello JR quando il Centro servizi è chiuso). Gli stranieri senza un Rail Pass possono acquistare un biglietto speciale di andata e ritorno per ¥ 4.000. Il viaggio di andata e ritorno deve essere completato entro 14 giorni. La tariffa normale parte da ¥ 3.020 per i viaggi dall'aeroporto di Narita alla stazione di Tokyo in classe standard, con tariffe più alte per i posti in carrozze verdi (di prima classe).

Dopo la fermata di Tokyo, il treno si divide in due con la metà anteriore in direzione sud verso Shinagawa, Musashi-Kosugi, Yokohama e Ofuna, mentre le carrozze posteriori vanno a ovest verso Shibuya, Shinjuku e Ikebukuro. I treni vanno a Hachioji, Takao e Omiya di sera, con servizio da queste stazioni all'aeroporto di Narita durante le ore del mattino. Se si è diretti a sud sullo Shinkansen, potreste voler cambiare a Shinagawa piuttosto che a Tokyo, dato che la fermata di Tokyo è di quattro livelli inferiore e dall'altra parte della stazione verso i binari Shinkansen, rispetto a Shinagawa dove ci sono solo 2 o 3 binari in tutto. Nel caso improbabile che tutti i posti siano pieni, JR venderà biglietti in piedi per ¥ 500 in meno. JR opera anche su treni rapidi sulla linea Sobu/Narita, partendo una volta all'ora e fermandosi in vari punti lungo la strada, incluso Chiba. Si tratta di normali treni pendolari per non fumatori che spesso si affollano nelle ore di punta, soprattutto se si sale a Yokohama o Tokyo. Dall'aeroporto di Narita a Tokyo, il viaggio è di circa 82 minuti per ¥ 1.320 (confrontate i 1.240 ¥ per utilizzare il Keisei Access Express per Ueno). Il treno di servizio rapido ha anche un paio di carrozze verdi; un sedile in carrozza verde può essere ottenuto per ¥ 980 (¥ 780 nei festivi) se prenotato in anticipo, con tariffe più alte a bordo. Le tariffe addebitate prima dell'imbarco vengono detratte da una carta IC come la Suica.

La ferrovia privata Keisei ^{[link non funzionante]} (京 成) offre treni per Tokyo centrale e meridionale, oltre a treni diretti per l'aeroporto di Haneda. I treni Keisei funzionano su due percorsi: la Narita Sky Access Line più veloce e più diretta e la Keisei Main Line più lenta e meno diretta. Le due linee si dipartono separatamente tra l'aeroporto di Narita e la stazione di Takasago. Entrambe le linee raggiungono le stazioni Keisei Ueno e Nippori di Tokyo. Nippori offre la connessione più semplice con la JR Yamanote e la Joban Lines e con la Nippori-Toneri Liner per il quartiere Adachi di Tokyo. A Keisei Ueno è possibile raggiungere a piedi la stazione JR Ueno in 4 minuti per collegarsi alle linee JR Yamanote, Tohoku e Takasaki e ai treni Shinkansen diretti a nord, così come le linee della metropolitana e .

Poiché le linee principali di Sky Access e Keisei operano su strutture tariffarie diverse, le due stazioni ferroviarie dell'aeroporto di Narita utilizzano binari e uscite distinte. I passeggeri della linea Sky Access devono attraversare solo un varco, mentre i passeggeri della linea principale Keisei devono passare attraverso due varchi. Prendere un treno attraverso la rotta Sky Access tra l'aeroporto e Nippori/Ueno costa 1.240 ¥, mentre la linea principale della linea Keisei è ¥ 1.030. L'intera tariffa può essere pagata utilizzando una carta Suica.

Linea Sky Access

Lo Skyliner opera sulla linea Sky Access 2-3 volte all'ora. E' il treno più veloce che collega l'aeroporto a Tokyo, con treni che vanno e vengono dalla Keisei Ueno e dalle stazioni di Nippori. I nuovi treni Skyliner offrono comodi sedili e una velocità massima di 160 km/h. La corsa completa dal Terminal 1 a Ueno impiega 44 minuti, con il treno che viaggia senza sosta tra Nippori e il Terminal 2 e 3 in 36 minuti. Tutti i posti sono riservati e la tariffa normale è di 2470 ¥ per tratta, anche se i turisti stranieri possono usufruire di uno sconto utilizzando lo Skyliner eTicket. Usando questo servizio è possibile acquistare in anticipo i biglietti per soli 2.200 ¥, stampare i voucher da scambiare con i biglietti in Giappone presso un banco dei biglietti gestito da Keisei o Skyliner. Quando si scambia il voucher è necessario presentare il passaporto e verrà richiesto l'orario di partenza desiderato.

L'opzione più economica lungo la linea Sky Access è il servizio di treni per pendolari noto come Access Express o Access Tokkyu (ア ク セ ス 特急). I treni di accesso Tokkyu partono ogni 40 minuti e la maggior parte dei treni diurni si riversano nella linea della metropolitana Toei . Facendo delle fermate limitate, l'Access Tokkyu offre la corsa migliore per Asakusa in 65 minuti a ¥ 1.290 (marzo 2019) e Nihombashi (70 minuti, ¥ 1.320). Arrivando a Shimbashi (75 minuti, ¥ 1.320) si può raggiungere facilmente la linea di metropolitana leggera fino a Odaiba. Un cambio di treni a Nihombashi permetterà di fare un salto veloce nel distretto di Ginza (stazione di Higashi-Ginza, 80 minuti, ¥ 1.320). Molti servizi proseguono anche sulla linea Keikyu per Shinagawa (85 minuti, ¥ 1.510) e Haneda (105 minuti, 1.790 ¥).

Dopo le 16:00 (17:00 nei fine settimana), i treni Access Tokkyu passano direttamente da Nippori e Keisei Ueno in 60 minuti al costo di 1.240 ¥. Altre volte, verrà richiesto un cambio ad Aoto, in collegamento con un servizio locale; questo cambio aumenta il tempo di viaggio a 80-90 minuti. Durante queste ore, è meglio prendere il Mainline Limited Express direttamente a Ueno (81 minuti) e risparmiare ¥ 210.

Il Keisei Skyliner e il Metro Pass ^{[link non funzionante]} includono un viaggio sul Keisei Skyliner e un biglietto aperto di uno o due giorni valido per viaggi illimitati su tutte le linee della metropolitana di Tokyo. Un viaggio Skyliner a senso unico combinato con un biglietto aperto della metropolitana di Tokyo di un giorno costa ¥ 2600; con un pass di due giorni ¥ 2980. Un viaggio di andata e ritorno sullo Skyliner con un biglietto aperto della metropolitana di Tokyo di un giorno costa ¥ 4500; con un pass di due giorni ¥ 4880. Si noti che il biglietto aperto della metropolitana di Tokyo non consente di viaggiare su nessuna linea JR.

Keisei Main Line

|I treni pendolari regolari Tokkyu (特急) - quelli che non portano la designazione "Access" - partono dall'aeroporto di Narita ogni 20 minuti, raggiungendo Keisei Ueno in 81 minuti al costo di ¥ 1.030. Durante le ore del mattino e del primo pomeriggio, dovreste utilizzare questi servizi Tokkyu sui treni Sky Access in quanto offrono una corsa più economica. (Prendendo il treno di accesso sarà necessario il trasferimento ad Aoto, l'unica connessione essendo un servizio "Locale" a Ueno, quindi perdendo i risparmi di tempo effettuati in precedenza sulla linea Access). Dopo le 16:00 (17:00 nei fine settimana), i treni Sky Access offrono un viaggio dall'aeroporto di Narita direttamente a Nippori e Ueno; i 20 minuti che si risparmia sul treno Sky Access valgono la pena del costo di ¥ 210 extra.

I servizi di prenotazione dei posti più convenienti rispetto allo Skyliner includono il Morning Liner che opera dall'aeroporto a Ueno due volte al mattino e il Evening Liner che opera da Ueno all'aeroporto per sei volte di notte dopo che è terminato il servizio Skyliner. I treni di linea della mattina e della sera costano ¥ 1.440, ma è possibile prenotare il posto solo il giorno della partenza da un distributore automatico di biglietti speciale. Il distributore venderà i biglietti di linea per ¥ 410 che dovranno essere utilizzati in aggiunta alla normale tariffa ¥ 1.030.

Dalla linea principale Keisei c'è la possibilità di trasferirsi alla stazione di Funabashi sulla linea JR Chūō-Sobu o alla stazione di Katsutadai per il Tōyō Rapid con il servizio di attraversamento alla linea della metropolitana Tōzai, che attraversano entrambi il centro di Tokyo.

Si noti che nessuna delle linee della metropolitana o sopraelevata è specificamente preparata per i viaggiatori con bagagli grandi e tendono ad essere affollate una volta all'interno dell'anello Yamanote ; gli scambi di Katsutadai e Funabashi di solito sono piuttosto semplici.

C'è una rete di bus navetta Airport Limousine che servono i principali hub di Tokyo, fermandosi nei principali hotel e in alcuni sobborghi. I prezzi sono paragonabili ai servizi del treno Narita Express, ma sono convenienti per chi viaggia per la prima volta perché portano direttamente in hotel. L'Airport Limousine è anche un modo per trasferirsi all'aeroporto di Tokyo Haneda; I treni di Access Tokkyu sono più economici, ma le limousine aeroportuali sono molto più frequenti. Il viaggio verso la maggior parte dei punti nel centro di Tokyo richiede 90-120 minuti e costa ¥ 3100 a persona, ma attenzione nelle ore di punta (soprattutto sulla strada per l'aeroporto) potrebbero esserci degli ingorghi.

Il servizio più importante dell'aeroporto Limousine è da/per il Tokyo City Air Terminal (T-CAT)^{[link non funzionante]} nella sezione Hakozaki del quartiere Chuo di Tokyo. consta di circa 4-5 partenze all'ora, con tempi di percorrenza solitamente (ma non sempre) di un'ora poiché gli autobus possono accedere al T-CAT da diverse autostrade. La tariffa normale è di 2800 ¥, ma i turisti stranieri possono acquistare i biglietti per soli ¥ 1900 richiedendo il "T-CAT Special". Il T-CAT è collegato direttamente alla linea Hanzomon della metropolitana di Tokyo, che collega Shibuya e Tokyo SkyTree. Un taxi può portare dal T-CAT alla stazione di Tokyo per circa ¥ 1000.

I turisti stranieri possono anche acquistare un viaggio di andata e ritorno sul Limousine Bus tra l'aeroporto di Narita e ovunque nei 23 quartieri di Tokyo per ¥ 4500. Il voucher di ritorno all'aeroporto di Narita deve essere utilizzato entro 14 giorni dalla prima data di viaggio. C'è anche un servizio speciale notturno di ¥ 1000 per tutti gli autobus per l'aeroporto di Narita in partenza T-CAT dopo le 17:00.

Gli autobus Limousine Airport consentono di trasportare nella stiva due bagagli per passeggero, ciascuno del peso massimo di 30 kg.

L'Access Narita è un autobus a basso costo gestito dalla società Heiwa Kotsu (anche noto come Be-Transse Group) e JR Bus, con viaggi che costano ¥ 1000. Gli autobus si fermano in due luoghi: la stazione di Tokyo all'uscita Yaesu, e nel distretto di Ginza all'incrocio di Sukiyabashi verso la polizia Koban, vicino alle linee della metropolitana di , e . Access Narita consente di trasportare un solo bagaglio da stiva per passeggero nella stiva fino a 20 kg.

Il Tokyo Shuttle è un autobus a basso costo operato da Keisei Bus tra l'aeroporto di Narita e la stazione di Tokyo (dall'altra parte dell'uscita Yaesu nord). Il viaggio costa ¥ 1000 a tratta, con una tariffa scontata di ¥ 900 se acquistato con almeno due giorni di anticipo. I biglietti di andata e ritorno dall'aeroporto sono venduti per ¥ 1900. La maggior parte dei viaggi inizia e termina presso l'ufficio di servizio Shinonome Bus, che si trova a 10 minuti a piedi dalla stazione Shinonome sulla linea Rinkai. Un piccolo numero di autobus serve anche Ginza e Oedo Onsen Monogatari. Un piano di ingresso scontato è disponibile per coloro che utilizzano il Tokyo Shuttle e la struttura onsen. Sono disponibili i biglietti combinati con un pass illimitato per tutte le metropolitane di Tokyo (Tokyo Metro e Toei Subway), a partire da ¥ 1700 per un pass di 24 ore. Tokyo Shuttle consente solo un bagaglio registrato per passeggero nella stiva.

La maggior parte dei biglietti e dei pass sono venduti da distributori automatici. I treni JR sono gratuiti con un Japan Rail Pass.

Le card prepagate sono convenienti e altamente raccomandate perché consentono di prendere i treni senza dover leggere le mappe tariffarie a volte solo in giapponese per determinare la tariffa. Esistono due tipi di carte prepagate, la Suica della JR East e la PASMO ^{[link non funzionante]} offerta da linee private (non JR). Funzionalmente sono completamente intercambiabili e possono essere utilizzate su quasi tutte le metropolitane, i treni e gli autobus di Tokyo (ad eccezione degli Shinkansen e dei treni espressi limitati). Tuttavia, le carte Suica possono essere rimborsate solo da JR East, mentre le carte PASMO possono essere rimborsate solo da operatori non JR se desiderate restituirle al termine della visita. Rimangono valide per 10 anni dall'ultima transazione, quindi potete anche decidere di conservarle per il prossimo viaggio. Entrambe le carte inoltre possono essere utilizzare in alcuni negozi e nei distributori automatici come carta di debito per cui viene scalato il credito così come avviene ogni qual volta si viaggia.

Da alcuni anni è possibile scaricare l'applicazione per avere la carta Suica nel proprio cellulare: attualmente l'applicazione è disponibile solo per i telefoni con iOS (iPhone) e per via di limiti tecnologici, è compatibile solo con i modelli iPhone 8 o successivi. L'utilizzo dell'applicazione vi permette di risparmiare il deposito cauzionale iniziale e di ricaricare la vostra Suica comodamente con la carta di credito o Apple Pay.

Le card tariffarie sono "smart card" ricaricabili: basta avvicinare la card sul touchpad vicino al cancello girevole mentre entrate, e fare lo stesso quando uscite. C'è un deposito iniziale di ¥ 500 che dovete pagare quando acquistate una carta tariffaria, ma su ogni carta possono essere memorizzati fino a ¥ 20.000 in valore. (Il termine "card tariffaria" è in qualche modo un termine improprio: Suica e PASMO sono carte di debito generiche con valore di deposito, accettate come pagamento da altri servizi, dai distributori automatici ad alcuni negozi. Nel momento in cui lasciate il Giappone, potete facilmente spenderle in un ristorante o in un negozio duty-free in aeroporto.) Se venite da altre parti del Giappone, le smart card della maggior parte delle altre regioni, come l'ICOCA del Kansai o la Kitaca dell'Hokkaido possono essere usate in modo intercambiabile con Suica e PASMO. Tuttavia, queste non possono essere rimborsate a Tokyo, quindi dovrete tornare alle loro rispettive regioni se volete recuperare i soldi.

Le vecchie carte Passnet non sono più accettate. Se ne possiedete ancora qualcuna, potete scambiarle con una carta PASMO o Suica.

Ci sono anche alcuni biglietti speciali che consentono viaggi illimitati, ma la maggior parte è improbabile che possano essere utili ai turisti, a meno che non abbiate intenzione di trascorrere metà giornata in treno.

• Il Tokunai Pass (都 区内 パ ス) è un pass valido per un giorno per viaggiare su linee JR ovunque nei 23 quartieri di Tokyo (compresa l'intera linea Yamanote e molte stazioni che la circondano). Costa ¥ 730, rendendolo economico se prevedete di fare cinque o più spostamenti di treno in un giorno. Una variante è il Tokunai Free Kippu (都 区内 フ リ ー き っ ぷ), che comprende anche un viaggio di andata e ritorno a Tokyo dalle stazioni delle prefetture circostanti. Il Monorail And Tokunai Free Kippu, è buono per due giorni e comprende un viaggio di andata e ritorno dall'aeroporto di Haneda al centro di Tokyo, è venduto per ¥ 2.000.
• Il Tokyo Free Kippu (東京 フ リ ー き っ) copre tutte le linee JR, della metropolitana e degli autobus urbani all'interno dei 23 quartieri. Costa ¥ 1.580 per un giorno e copre un numero di aree che non sono servite da JR, come Roppongi e Odaiba.
• Biglietto giornaliero per metro e Tobu permette di viaggiare in entrambe le linee nell'arco della giornata. Costa 900 yen adulti e 450 yen bambini.
• L'Holiday Pass (ホ リ デ ー パ ス) copre l'intera rete JR nell'area metropolitana di Tokyo, tra cui Chiba, Kanagawa, Saitama e Tokyo ovest. Costa ¥ 2.300 per un giorno ed è disponibile solo nei fine settimana, nelle festività nazionali e durante le vacanze estive (dal 20 luglio al 31 agosto).

Ci sono molte altre tipologie di abbonamenti legati a linee specifiche il cui uso è molto relativo ma che possono essere consultati qui.

Se state pagando à la carte, la metropolitana e le tariffe dei treni si basano sulla distanza, che va da ¥ 110 a ¥ 310 per il centro di Tokyo. Come regola generale, le linee della metropolitana di Tokyo sono più economiche, le linee di Toei sono più costose e le linee JR cadono da qualche parte nel mezzo (ma di solito sono più economiche della metropolitana per i viaggi brevi, vale a dire non più di 4 stazioni). Molte delle linee private interagiscono con le metropolitane, il che a volte può rendere irragionevolmente costoso un singolo viaggio, poiché in pratica ci si trasferisce su un'altra linea e sistema tariffario, anche se si è ancora sullo stesso treno. Per esempio il cambio tra la linea della metropolitana e la linea privata Tokyu equivale al pagamento della somma di ciascuna tariffa: tariffa minima Metro ¥ 160 + tariffa minima Tokyu ¥ 120 = ¥ 280. Inoltre, diversi modelli di trasferimento sono elencati come "Sconto di trasferimento", e il più famoso è lo sconto ¥ 70, che si applica a un trasferimento tra la metropolitana di Tokyo e le linee della metropolitana Toei. Quando si utilizza Suica o PASMO, è possibile ottenere automaticamente tutti gli sconti di trasferimento. In alcune stazioni di trasferimento, potrebbe essere necessario passare attraverso uno speciale ingresso di trasferimento (sia per i biglietti cartacei che PASMO / Suica) che è di colore arancione - passando attraverso il tornello blu regolare non otterrete lo sconto sul trasferimento e se avete un biglietto cartaceo, non lo riavrete indietro. In alcuni punti di trasferimento (ad esempio la stazione di Asakusa) potrebbe essere necessario trasferirvi a livello stradale poiché le due stazioni (Metro Ginza Line e Toei Asakusa Line) non sono collegate fisicamente e si trovano a circa un isolato di distanza.

La Tokyo Subway Navigation for Tourists della Tokyo Metro è un'app mobile che consente di pianificare gli spostamenti in metropolitana e di viaggiare in treno dal punto A al punto B, in base al tempo, costi e trasferimenti. Questa app fornisce informazioni solo per Tokyo. Per altre app o siti che coprono l'intero paese, consultare la pagina del Giappone.

Se non riuscite a capire quanto costa la destinazione, potete acquistare il biglietto più economico e pagare la differenza alla Macchina di regolazione tariffa (norikoshi o fare adjustment) alla fine del tragitto. La maggior parte dei distributori automatici consente di acquistare un biglietto singolo che copre un trasferimento tra JR, metropolitana e linee private, fino alla destinazione, ma capire come farlo può essere una sfida se non si ha familiarità con il sistema. Quando ci si trasferisce da un sistema all'altro, pagando con ticket o smart card, utilizzare le porte di trasferimento arancioni per uscire. In caso contrario, verrà addebitata la tariffa intera per entrambe le parti separate del viaggio, invece della tariffa di trasferimento più economica.

La maggior parte delle linee ferroviarie di Tokyo è attiva dalle 05:00 alle 01:00. Durante le ore di punta corrono circa una volta ogni tre minuti; anche durante le ore non di punta il tempo è sempre meno di dieci minuti tra un treno e l'altro. L'unica volta in cui i servizi regolari passano durante l'intera notte è per le vacanze di Capodanno su determinate linee.

Per ulteriori informazioni sui viaggi in treno in Giappone in generale, fate riferimento alla sezione apposita nell'articolo sul Giappone.