La stazione fu costruita dalla Südbahn nell'ambito del progetto della ferrovia Ferdinandea (Milano-Venezia), e fu inaugurata il 12 ottobre 1857, assieme al tronco Treviglio-Bergamo-Coccaglio. Nel 1863 divenne stazione di diramazione, con l'attivazione della linea per Lecco.

Nel 1878 l'attivazione della tratta Treviglio-Rovato (via Chiari) permise di collegare Milano a Venezia in modo più diretto; da quella data la stazione di Bergamo perse improvvisamente di importanza, restando ai margini della rete ferroviaria principale.

Nel 1889 venne attivata la linea per Carnate, che nelle intenzioni avrebbe dovuto costituire un percorso pedemontano est-ovest; nei fatti, questo collegamento non acquisì mai l'importanza prevista.

Solo nei primi anni del XXI secolo furono iniziati lavori di potenziamento delle linee convergenti su Bergamo, al fine di migliorare i collegamenti verso Milano e (in un futuro più lontano) di potenziare i collegamenti suburbani nell'hinterland bergamasco: nel dicembre 2004 è infatti stato inaugurato il raddoppio della linea per Treviglio, con la successiva inaugurazione di tre nuove fermate sulla stessa pochi anni dopo, mentre, nel febbraio 2024, sono iniziati i lavori i lavori per il raddoppio del binario in un tratto comune alle linee per Lecco e Seregno, tra Bergamo e Curno.

Nel 2012 il piazzale antistante è stato riqualificato assieme alla stazione intera.

Dal 5 febbraio 2024 la linea Bergamo - Ponte San Pietro risulta sospesa per la realizzazione del raddoppio, inoltre per necessità tecniche la stazione è stata ridotta a 3 binari tronchi, 2 binari tronchi che servono la linea Bergamo - Milano ed 1 binario tronco che serve la linea Bergamo - Brescia.

La stazione è servita da una fermata della rete automobilistica urbana gestita dall'ATB, e risulta adiacente al capolinea della tranvia della Val Seriana che collega Bergamo con Albino.

• Stazione autobus
• Terminal della tranvia interurbana
• Taxi

• 45.691819.674972 Stazione Autolinee, Via Bartolomeo Bono. Servita sia dagli autobus urbani che extraurbani. 

I taxi sostano 45.69119.675383 all'esterno della stazione.

• 45.69089.675434 Velostazione di Bergamo, ☎ +39 389 5137313. Lun-Dom 5:00-24:00. Qui è possibile depositare la propria bicicletta