Andijan è situata sul bordo sud-orientale della valle di Fergana, in prossimità del confine con il Kirghizistan. La città si trova a circa 450 metri sul livello del mare ed è circondata dalle vette del Pamir e del Tian Shan, alcune delle quali risultano innevate anche nei mesi estivi mentre ad altitudini più basse i monti presentano pendici ricoperte di boschi di noci e conifere.

La città è attraversata dal canale Andijonsoy, mentre poco fuori l'abitato scorre il Kara Darya (Fiume Nero), uno dei rami sorgivi dell'Amu Darya.

Appena a nord di Andijon, in località Kuyganyor il corso del Kara Darya è stato sbarrato da una diga completata nel 1973 dando origine a un bacino idrico, il lago di Andijan.

Il clima è semi-arido, con estati calde e secche. Gli inverni sono miti con temperature medie appena sotto lo zero. Le precipitazioni sono scarse e irregolari, con una media annua di circa 232 mm.

Andijon è una delle città più antiche della valle di Fergana. In alcune zone della città, gli archeologi hanno rinvenuto reperti risalenti al VII e VIII secolo. Storicamente, Andijan era un'importante città sulla Via della Seta.

Andijon è famosa per aver dato i natali a Babur che, dopo una serie di traversie nella sua terra natale, riuscì a creare un potente impero nel subcontinente indiano.

Dopo la formazione del Khanato di Kokand nel XVIII secolo, la capitale fu trasferita da Andijan a Kokand. A metà del XIX secolo, l'Impero russo iniziò a occupare l'area dell'attuale Asia centrale. Nel 1876, i russi conquistarono il Khanato di Kokand e con esso la città di Andijan.

Andijan fu il centro della rivolta del 1898, in cui i seguaci del leader sufi Madali Ishan attaccarono le caserme russe in città, uccidendo 22 militari e ferendone tra i 16 e i 20. Per rappresaglia 18 dei partecipanti furono impiccati e 360 esiliati.

Il 16 dicembre 1902 gran parte della città fu rasa al suolo da un forte terremoto che uccise fino a 4.500 residenti.

Dopo l'instaurazione del dominio sovietico Andijan divenne un importante centro industriale nell'ambito della Repubblica Socialista Sovietica Uzbeka (1924-1991).

Durante la Seconda Guerra Mondiale, molti cittadini sovietici furono evacuati ad Andijan e nelle città circostanti.

Dopo il tracollo dell'Unione Sovietica e la conseguente dichiarazione di indipendenza dell'Uzbekistan, Andijan subì una forte recessione economica dovuta alla chiusura di molte delle sue industrie non più in grado di sostenere le leggi del libero mercato. Il malcontento provocò dimostrazioni di piazza: Il 13 maggio 2005, l'esercito uzbeko aprì il fuoco su una massa di persone che protestava contro il carovita e la disoccupazione. Le stime delle vittime vanno da 187, secondo il conteggio ufficiale del governo, a più di un migliaio secondo fonti dell'opposizione. Il numero esatto non potrà mai essere calcolato perché i cadaveri dei dimostranti furono precipitosamente sepolti in fosse comuni.

• 40.738672.31181 Aeroporto di Andijon (IATA: AZN).  

Uzbekistan Airways gestisce voli da/per:

• Krasnoyarsk
• Mosca-Domodedovo
• Novosibirsk
• Tashkent

• 40.7627672.350682 Stazione dei treni.  La stazione ferroviaria si trova nel centro della città.

La stazione offre corse per Tashkent 2-3 volte al giorno. Alcuni treni sono dotati di posti a sedere, mentre altri di cuccette. C'è anche un treno per Khiva ma meno frequente. Il prezzo medio di un biglietto in classe economica per Tashkent è di 70.000-90.000 som e il viaggio dura 5-6 ore.

C'è anche uno speciale treno regionale che collega Andijan e Kokand 1-2 volte al giorno e costa solo 8.000 som da pagare in contanti alla biglietteria della stazione.

• 40.758772.34793 Autostazione (Avtovakzal). La maggior parte dei taxi condivisi diretti verso altre destinazioni dell'Uzbekistan stazionano in un ampio parcheggio non distante dalla stazione ferroviaria. Gruppi di conducenti diretti nella stessa città si radunano in un'area specifica per favorire i passeggeri. Nell'area sono parcheggiati anche autobus e minibus "Damas" che praticano prezzi più convenienti dei tassì, ma potrebbero non avere spazio sufficiente per i bagagli. 

• 40.779472.3531 La Veranda. Senza dubbio il ristorante più "elegante" (e costoso) di Andijan, con un menu variegato e ottimi piatti. Situato vicino al palazzo del Comune e al centro commerciale O'zbegim a Eski Shahar. Alcune serate sono allietate dalle esibizioni di un violinista. La sezione al piano inferiore, "Melody", serve alcolici. 

• 40.76081372.3522611 Vella Elegant, G, Boburshoh kochasi 40 (Nei dintorni della stazione), ☎ +998 952028558. Un albergo a 3 stelle con camere di diversa tipologia ma tutte con bagno privato e tutto somnato confortevoli. L'albergo è situato in una zona di cantieri per cui la vista non è delle migliori.