La veuve de Montaigne obtint des Feuillants, le 27 janvier 1593, la permission de faire inhumer son mari dans un caveau devant le grand autel de l'église et de dresser au-dessus un sépulcre et un monument. Ce monument était peut-être en place à la date de l'inhumation (1 mai 1593) mais sûrement en 1608. En 1614, quand l'église fut reconstruite sur un plan nouveau, il fut transporté dans la chapelle Saint-Bernard, la première à gauche du choeur. En 1800, on transporta le mausolée et croyait-on le corps au musée pour l'honorer, mais on s'était tromper de cadavre. L'erreur reconnue, corps et monument revinrent dans la chapelle. Après la destruction de l'anciennne église des Feuillants et la construction sur son emplacement de la nouvelle faculté des lettres et des sciences, le mausolée fut remonté en 1887 par l'architecte Paul Durand dans le hall . Il avait été restauré par le sculpteur Venturini.